新企业所得税法为法人税制，对跨地区经营汇总纳税企业实行"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的企业所得税征收管理办法。为此你分公司的收入、成本均应汇总至外省总部，由总部统一计算出应缴的企业所得税，总部对其中50%的部分在各分公司间进行分配实施就地预缴。请你公司在季后10天取得外省总部税务机关出具的分配表，并向税务机关进行申报缴税。
在有外管证的情况下，所得税可以回总公司申报，否则所得税也要在当地申报。如果是分公司，如果领取有营业执照，非办事处和项目部，对外就是独立核算，必须建账。如果总公司这边报税，从现在起是不是就要把分公司的账给合并进去才能报税，而分公司却只需要报自己那部分税呢？营业税要分开，分公司建项目账，年底并账入总公司。如果有外管证，所得税就由总公司合并申报。
如果没有，所得税就在当地申报。具体报账时间看当地税务部门的要求和公司的管理要求。原则上是要每月并账，但因为并账是解决所得税问题。而所得税是按季预缴，年度清算，公司和项目部一般都比较远，实际操作中可以不用每月并账，平时季度申报所得税早分公司提供数据总公司申报就行，年底再并账实际清算。这么操作的前提是必须要有外管证。否则，就不存在并账问题。
异地注册分公司非独立核算是否需要纳税?
新所得税法规定，所得税都要汇总到法人单位缴纳，总部汇总申报所得税即可。但是新税法很多具体操作细则没有出来，你们分公司还是属于当地税务局管理，所以也去申报一下，以免麻烦。但是不在当地交所得税。
营业税、增值税按规定要在当地缴，但是可能存在这种情况：你们是总部开的，所以增值税的抵扣只能到总部这边，当地也就不能交增值税了。