把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
举证责任
在保函中约定，受益人提出索赔请求时，同时提出证据证明自己已经履行了基础合同义务，或能够证明委托人没有履行基础合同义务。在这种情况下，受益人负有举证责任。如果受益人不能提供证据证明，则银行不予受理，由受益人承担不利责任。受益人提供的证明材料可以是发运货物的提单副本、第三家检验机构的商检证明或检验报告、合同双方之间的往来函电、项目监理工程师出具的证明或签字认可的其他书面文件等。
委托人同意或确认
在保函中约定，受益人提出的索赔请求，必须经委托人同意或确认，银行才能受理。在这种情况下，银行作为金融中介的作用大为减少，保函的银行信誉转化为普通的商业信誉，对受益人的保护不利，因此，在实际应用中不被受益人所接受。
还款保函
还款保函又称预付款保函或定金保函。是指担保人应合同一方当事人的申请，向合同另一方当事人开立的保函。保函规定，如申请人不履行他与受益人订立合同的义务，不将受益人预付或支付的款项退还或还款给受益人，担保人向受益人退还或支付款项。
除上述两种保函外，还可根据其他功能和用途的不同，分为其他种类的保函，如：投标保函、补偿贸易保函、来料加工保函、技术引进保函、维修保函、融资租赁保函、借款保函等等。