据医院官网2015年12月信息显示，医院设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。同时是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。设有国际医学中心和健康医学中心，提供高端预防保健服务。医院年门急诊量490余万人，收容19.8万人，手术近9万例。
国家老年疾病临床医学研究中心（解放军总医院）是由国家科技部、卫生健康委员会、军委后勤保障部和原食品药品监督管理总局于2016年7月联合批准建设的第三批国家临床医学研究中心，主任为老年医学专家范利教授，中心依托解放军总医院第二医学中心老年医学部主管主建，拥有集国家重点学科、国家临床医学研究中心、国家临床重点专科（军队建设项目）、北京市及全军重点实验室、全军保健人员培训基地“五位一体”的老年医学优势学科群，连续5年蝉联全国老年医学专科排行榜榜首，涌现出一批德高望重、造诣精深的老年医学大家，已建成体系完整、人才接续的学科体系。
国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心是为加强我国耳鼻咽喉疾病医学科技创新体系建设、打造临床医学和转化研究的“高地”而创建的项目，目标是形成我国耳鼻咽喉疾病重大临床医学研究的“国家队”。
拟通过开展高质量循证医学研究、验证新技术和新方法、实施多学科交叉转化研究、开发和推广基层适宜技术、探索临床研究方法和管理模式，搭建国家耳鼻咽喉疾病临床研究公共技术支撑的平台。通过高质量临床多中心研究，出指南、出理论、出技术、出产品、出成效，为国家制定政策提供依据，以提高耳鼻咽喉疾病防控能力，改善民众健康。
坚持临床专科病理教学、理论授课、技能培训、科主任教学查房、疑难病例讨论，突出肾活检病理、血液透析、腹膜透析、CRRT等专科特色。现有博士生导师7人，硕士生导师13人，进修生指导老师54人，指导“四生”教学任务，培养研究生（含联合培养），博士后21人（6位获得博士后基金）、博士169人、硕士233人，规培生、进行生600余人。其中20人担任全国三级甲等医院的学科带头人，
获得军队博士论文1篇、硕士论文2篇，全国百篇博士论文提名1篇。毕业的学生获得求是杰出青年奖1名、中国青年科技奖2名、原总后科技新星2名、北京市科技新星6名。
作为教学示范窗口，接待到访国内外、军内外专家100余次。