医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
北京协和医院皮肤科在我国是早的皮肤性病学科之一，成立于1924年，首任主任是Dr. Chester N. Frazier。解放后一直由我国皮肤性病学奠基人之一、的皮肤性病学家、一级教授李洪迥任科主任。经过近一个世纪来几代人的不懈努力，皮肤性科学科队伍不断壮大，在医疗、教学、科研等方面取得了突出的成绩，为我国的皮肤病、性病学发展做出了突出贡献。皮肤性病科为国家重点学科、博士生及硕士生培养点。现有专家、教授16人，其中10名离退休教授仍然参加门诊、会诊与保健等医疗工作。在职职工47名，其中教授6名，副教授6名，主治医师10名，住院医师3名，技术员5名，护士16名。经过90年几代人的努力，我科已经成为设有普通门诊、性病门诊、激光中心、皮肤美容中心、保健与特需门诊、急诊、病房、研究室等的大型皮肤性病科室。拥有一支勤奋好学、朝气蓬勃、年富力强的医护队伍。科内拥有先进的仪器、设备，为临床诊断、、教学和科研等工作提供了良好的物质条件。
1. 炎性肠病疑难病会诊中心简介：肠道疾病是我国常见疾病，随着人们生活习惯的改变，炎症性肠病（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）在逐年增加。目前炎症性肠病是消化系良性疾病中诊断和困难的疾病之一，该类疾病涉及多系统受累,需要多科协作,联合诊治。 炎性肠病疑难病会诊中心成立于2013年，汇聚我院11大科室，包括消化内科、基本外科、感染内科、风湿免疫科、儿科、临床营养科、病理科、放射科、超声科等。
2. 会诊疾病适应证：肠道疾病的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约消化内科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周四下午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
1.肝胆恶性肿瘤疑难病会诊中心简介：根据肝癌的不同阶段，通过多学科会诊，给予个体化的综合方案，是提高疗效的关键。我院于2017年5月成立肝胆恶性肿瘤疑难病会诊中心，该中心包括肝脏外科、肿瘤内科、临床营养科、病理科、放疗科及放射科。
2. 会诊疾病适应证：肝胆恶性肿瘤的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约肝外科或肿瘤内科、放疗科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周四下午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；