医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。

青光眼科一直以来就是同仁眼科的重点专业。多年来，在国内眼科学界长期占据优势地位，并在国际上享有一定的影响力。目前，青光眼科是中华医学会眼科学分会青光眼学组组长单位，也是中国医师协会眼科学分会青光眼委员会主任委员单位。

青光眼科主要的特点和优势是注重临床和科研相结合。在保持原有临床技术优势的情况下，注重基础科研工作，在国内学术界具有优势。

青光眼科有博士研究生导师一人，硕士研究生导师两人;有正高级职称人员5人，副高级职称人员人9人;青光眼科常年承担首都医科大学及首都医科大学国际学院本科生、研究生、国际学生的临床授课任务;青光眼科每日的平均门诊病人量200-300人次，科室开放床数52张，年手术量超过3000台，青光眼科住院部的床位使用率常年超过，术前平均住院日低于4天，各项医疗指标位居全国前列。其中2/3的患者来自外地，每年培养研究生和进修医生近百名。

北京同仁医院眼科屈光手术中心在原卫生部的批准和支持下，于1993年率先在国内开展了近视眼、远视眼、散光及弱视的成因及角膜屈光矫治手术。时至今日，已成为国内每年完成屈光矫正类手术门诊和手术总量多的屈光专科，是国内，具有国际影响力的屈光手术诊疗中心之一。

中心拥有一支实力雄厚的专业技术团队，现有医生8人，医技9人，验光师2人，护士1人。具有博士学历人员5人、硕士学历人员7人、本科学历人员8人。其中教授和主任医师3人，副教授和副主任医师4人，主治医师1人，副主任技师1人，主管技师9人。博士生导师1人，已培养博士研究生、硕士研究生100余人，进修医生百余名。

为了大限度满足患者门诊、手术的需求，中心实行全年无限号门诊，2017年门诊量达6万多人次，年手术量近1.5万例。技术团队多年来积累了大量的临床手术及并发症处理方面的经验。