医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。
在临床相关研究方面，眼底专科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。北京同仁医院眼底专科坚持以临床服务为根本，以科研创新为导向，医疗、教学、科研、预防发展的目标，推动了创新型的科学研究工作的持续开展和学科临床服务水平的不断提高。
角膜塑形镜门诊现设立在北京同仁医院崇文门院区东区一楼视光中心门诊，隶属眼科医学视光中心，现有医生6人，均为副高以上职称，专业擅长为眼视光医学及角膜病学，在复杂角膜屈光问题，近视眼防控，角膜塑形镜验配，硬性角膜接触镜(RGP)验配等领域具有丰富的临床经验。
服务人群：18-55岁的近视、散光、远视等屈光不正，希望通过手术矫正获得更好视觉体验的患者。
北京同仁医院眼科屈光手术中心在原卫生部的批准和支持下，于1993年率先在国内开展了近视眼、远视眼、散光及弱视的成因及角膜屈光矫治手术。时至今日，已成为国内每年完成屈光矫正类手术门诊和手术总量多的屈光专科，是国内，具有国际影响力的屈光手术诊疗中心之一。
中心拥有一支实力雄厚的专业技术团队，现有医生8人，医技9人，验光师2人，护士1人。具有博士学历人员5人、硕士学历人员7人、本科学历人员8人。其中教授和主任医师3人，副教授和副主任医师4人，主治医师1人，副主任技师1人，主管技师9人。博士生导师1人，已培养博士研究生、硕士研究生100余人，进修医生百余名。
为了大限度满足患者门诊、手术的需求，中心实行全年无限号门诊，2017年门诊量达6万多人次，年手术量近1.5万例。技术团队多年来积累了大量的临床手术及并发症处理方面的经验。