医药洁净工程史上的初个洁净室建于1966年在美国，当时已有实验证明，一定量的空气微粒进入到人体血液中会引发一系列的并发症，所以该洁净室主要用于医院的外科手术室工程。手术环境解决后，人们又把目光转移到制药工程上，因为含有的一旦进入人体，也会引起人体的病变反应，所以制药洁净室工程的建立也被划入了医学研究范围。
医药洁净室工程中的洁净室还常用在护理病房中，护理病房在以前只是采用定期和禁止外人进出的措施来减少病菌，这种方法有一定效果，但并不完善。所以后来人们想营造出类似手术室工程中的无菌空间来作为护理室，的确这样操作后，被隔离的病人出现感染的概率大大降低了。依据病人生病的严重程度，洁净室工程中护理室也分为好几个等级，不同级别的空气洁净度等级不一样，医生在安排时可依据病人的实际状况来进行分配。
医药洁净工程的工艺布置应防止人与物流之间的混合交叉污染。首先，要将人员和其它物品进出生产区域的通道分开设置，比较容易被污染的材料（如一些原材料和辅助材料，生产中产生的废渣等）可以设置专门特殊入口。为加快生产效率，洁净车间之间的货物路线的布置要尽可能短。医药洁净工程布局的生产作业区间内只应安置必要的工艺设备， 用作生产和储存的区域不得用作该区域以外工作人员的出入道路。运输人或者物品的电梯应分开，且不可设置在洁净车间内。
医药洁净工程在符合生产工艺基本条件的前提下，为了达到加大净化效果、节约能源的目的，具有空气净化要求的房间应做特殊的布置。.空气清洁度高的洁净车间应放置在人员较少的地方，并布置在空调机房的旁边。由内到外的空间布局应与该空间对环境空气洁净度要求由高到低相对应，对洁净度要求相同的洁净车间应相对集中，防止等级不同的车间之间互相污染。