食品净化工程是在一定空间范围内，将空气中的微粒子、有害空气、等污染物排除，并将室内温度、洁净力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内的工程学科。
净化级别多为十万级。空调系统多采用一次回风系统，风口可采用镀锌钢板风管，也可采用索斯风管。食品行业发展迅速，企业实力参差不齐，国家目前对食品逐步纳入监管的范围。随着发展将于药品同列入GMP认证的范畴管理。目前国家对乳制品行业、饮料灌装行业有明确的要求，但随着管理的规范，食品行业终会统一按照GMP的要求管理。国内食品行业使用净化空调的多是一些乳制品厂家，一般主要用在奶粉及液态奶的灌装工艺。
食品车间加工区是食品厂房的主要装修区域，首先要按国家QS认证的要求，做到人物分离通道，也要考虑生产的流程，进行装修设计和规划。有必要时，会把大厂房分隔出不同功能的车间，为隔热效果好，节省制冷的用电费用，要求密封性要好，而且采用隔热的防火材料做隔断，地面多为环保的防尘漆，易清洁不起灰尘。
无菌室空气净化工程是属于生物净化工程的一种，一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室，无菌室只要够放置实验室样品及必需的设备即可，面积无需过大而造成浪费，面积过大对于做无菌室空气净化工程来说不仅仅是提高建造成本而已，日后的运行及维护费用也会高的令人惊讶。一般微生物检测按照实验室行业要求都需要在无菌室中进行，很多食品菌、微生物等都是在超净工作台中完成检测和化验的。
无菌室内配置了百级超净工作台也并不是所有都可以进行实验的，一般常规的菌落总数、微生物培养、血细胞培养、研究、干细胞研究、大肠菌等实验可以在百级超净台进行。但是如果需要做致病，为了达到保护实验室人员的问题，就必须得建造生物实验室，使用生物柜进行实验。该类实验不能在普通的无菌实验室中进行。
目的 本规程旨在为无菌操作及无菌室的保护提供一个标准化规程。 适用范围 生测实验室 责任者 QC主管生测员 注意事项 严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌室应先关掉紫外灯。
微生物检验用器材及场所必须进行或处理，不同的对象采用不同的处理方法
1． 高压蒸汽: 工作服、口罩、稀释液等，置高压锅内，一般采用121℃半小时,当然不同的培养基有不同的要求,应分别处理
2． 火焰：接种针、接种环等可直接火焰
3． 高温干燥： 各种玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小时
4． 一 般: 无菌室内的凳、工作台、试管架、天平、待检物容器或包装均无法进行，必须用其他方法进行处理，采用2%石炭酸或来苏儿水溶液擦拭，工作人员的手也用此法进行
无尘无菌车间是指将一定空间范围内之空气中的微粒子、有害空气、等之污染物排除，并将室内之温度、洁净度、室内压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内，而所给予特别设计之房间。
无菌车间又叫无菌室，它的要求更高，除了按洁净室要求处理空气中微粒外，还需要对室内空气进行处理，即同时要去除生物污染源，对室检查还需要对室内空气采样培养，以杜绝感染源。医院手术室、血液透析室、药品及三类一次性医疗用品生产都要求使用无菌室；但是检测时需要检测浮游菌、沉降菌等菌落数。
无菌洁净车间的内部装修要求房间围护结构的空气密封性好，房内无卫生死角，装修材料表面光洁但不反光、耐压力而不起尘、易于清洁、不易发生霉变和长菌、能够适应各种剂和气体熏蒸的腐蚀和紫外线照射。
无菌容器和密封件以及灌装封口作业的局部暴露区域内空气的洁净度应达到100级要求，该洁净度下每立方米空气中含有≥0.5靘的粒子数应不得过3500个，空气浮游菌的含量应不得超过5CFU/m3。
无菌操作区域内的100级洁净区内的空气在其使用点处应经过滤器过滤后呈单向流态（层流）输送，流速应满足空气以活塞的方式吹除灌封区内的悬浮粒子的需要。