无尘室系统
室内的空气净化系统可分为水平层流、垂直层流和乱流。选择气流形式一则参照惯例，二则取决于房间的工作参数。
洁净度与换气次数
房间的洁净度取决于单位时间的换气次数，因此慎密考虑房间的工作性质、以及生产工艺要求，再决定净化系统的技术参数。
工程设计不合理
这种现象比较少见，主要是在一些小型的净化级别要求不太高的洁净室建造上。现在净化的竞争比较激烈，一些施工单位为了获得工程，在投标中给出了较低的报价。在后期施工中，利用一些单位不太懂行的情况，偷工减料，使用功率较低的空调通风压缩机组，使送风功率与净化面积不匹配，导致洁净度不合格。
送风管或过滤器密封不好
这种现象是施工粗糙造成的，在验收时会表现出在同一系统中某个房间或局部不合格，改进的方法是，送风管采用漏光试验法检漏，过滤器用粒子计数器对过滤器的断面、封胶、安装框架进行扫描，找出泄露位置，精心密封。
过滤装置性能
室内空气净化主要靠过滤装置，经过优良的过滤器可以保证向室内输送洁净空气。对5μm以上颗粒滤除效果达到99、99%以上，可有效去除空气中的各种颗粒，否则不能保证对微生物的洁净效果。
足够的换气次数
由于洁净实验室内人员及操作活动，可以不断产生尘埃和颗粒，这些颗粒需要不断的换气将其带走，如果没有足够的换气量，将会使室内颗粒浓度越来越高。