物料流转与控制，药品的生产是从物料的应用开始，制药车间生产过程的同时也是物料消耗的过程，有效的物料管理有助于车间正常进行，车间物料管理主要从以下几个方面。
1、物料随领料单、核料单运输至车间后，收料人员根据指令接受物料，并仔细核对品名、代码、规格、数量，填写暂存台账。
2、各工序操作严格按照有关操作规程，控制本工序的物料平衡在规定范围内。
3、生产过程中如有异常损耗等现象，应及时通知车间管理人员及质量监督人员，并进行详细记录，计入物料平衡中。
4、需进行收率计算的主要工序，如制粒、总混、胶囊分装、铝塑包装、外包装等，在工序操作结束后应进行收率的计算。
5、生产过程中凡收率在合格范围内，可流入下道工序生产；若收率高于或低于合格范围，须通知车间管理人员及质量监督人员进行调查分析，采取处理措施并详细记录。
另一方面，空气本身并不产生污染，因为空气不含必要的水分和营养，不是适合微生物生长繁殖的天然环境，但是一般的大气环境仍含有不少的、霉菌和酵母菌。空气中的微生物来自灰尘微粒（自然因素如风，人为因素如车），来自人的皮肤与衣服，以及谈话、咳嗽、打喷嚏等造成的飞沫。因此，空气是侵袭我们产品的污染物的主要媒介。减少空气中悬浮粒子的含量和有效地去除已存在的固体微粒子，保持空气洁净，始终都是制造过程控制的主要内容。
与无尘车间周边相邻或相通的，较低洁净度的区域或非洁净区域，由于人员、材料的进出携带的污染空气，或沉降在人员、物料上的污染物被带入，是影响室内洁净度的另一个重要污染来源。合理的正压差是减少通过围护结构的缝隙和传递窗、门、传送带开口等孔洞侵入污染空气的重要措施。
设在门口的气闸室、缓冲室以及空气吹淋室也有一定作用。但完全避免周边污染区域对无尘车间环境的干扰与影响也是困难的，特别是无尘车间在外门的附近区域。因此，关键工艺区域宜远离外门。
在正常情况下，新建、改建无尘车间或是末级过滤器更换后，按规范要求进行了严格的验收检测，则过滤器本身、过滤器与支撑框架的接触面如有泄漏，都应被查出并予以处理。此时，送风系统不存在未经过滤而进入无尘车间的空气。
值得防范和注意的是，在生产过程中未按操作规章不慎触及脆弱的过滤器纸芯，或是过滤器支撑框架因振动、或是密封胶垫老化、变质而致使过滤器与框架接触面的密封垫或胶条出现裂隙，从而泄漏未经过滤的空气，污染无尘车间，这也是日常监测工作关注的要点。