气调冷藏集装箱具有一般机械式冷藏集装箱的所有制冷功能，同时装有一种气调设备，可以调节和控制箱体内的空气成分，以减弱新鲜果蔬的呼吸强度，从而减缓果蔬的成熟进度，达到保鲜的目的。
气调保鲜的关键是调节和控制货物储存环境中的各种气体的含量。常见的是用充氮降氧方法来降低环境中的氧气含量，控制乙烯含量，减缓果蔬成熟。气调冷藏集装箱的气密性要求较高，一般要求漏气率不超过2m³/h。
采用气调冷藏集装箱运输具有保鲜效果好、储藏损失少、保鲜期长和对果蔬无任何污染的优点。但由于采用气调设备后，技术要求高，冷藏集装箱价格高，因此使用还不普遍。
隔热集装箱在20世纪70年代前曾经是国际上冷藏保鲜货物的主要运输工具之一，随着20世纪80年代之后机械式冷藏集装箱的大量使用，隔热集装箱已逐步被更为灵活的机械式冷藏集装箱所取代，但在某些具有稳定货源的航线上仍有使用。
根据冷藏集装箱材质，冷藏集装箱可以分为铝质冷藏集装箱和钢质冷藏集装箱。由于铝质冷藏集装箱的成本比较高，且容易损坏，维修费用高，所以在2000年后逐渐被淘汰，主要生产钢质冷藏集装箱，在SHSCRC（COM）可以看到相关图片。
冷藏冷冻集装箱箱内的温度升、降速度与箱内装载货物有关，当达到设定温度范围-18℃±3℃后，应维持其箱内温度的稳定。但在计算冷藏箱不制冷时箱内温升时，可采用如下经验公式作为标准值计算
1）冷却货（不通风时）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷冻货0.0067*（tw-tn) ℃/h
式中tw和tn分别为外界温度和箱内温度℃。